La integración en Schoenstatt puede darse a través de la Liga Apostólica, la Federación Apostólica o un Instituto Secular. El nivel de compromiso en lo apostólico, ascético y comunitario determina la pertenencia. La unidad en el movimiento se sostiene por la comunión en el carisma: la Alianza de Amor con la Virgen de Schoenstatt, vinculada al Santuario y al Padre Kentenich, junto con los objetivos, la pedagogía y la espiritualidad de Schoenstatt.
La Liga Apostólica opera a nivel diocesano y está compuesta por diversas agrupaciones, incluyendo juventud femenina, juventud masculina, mujeres solteras, mujeres casadas/madres, hombres, matrimonios y sacerdotes. Sus miembros aspiran a la santidad y se educan en la espiritualidad de Schoenstatt, esforzándose por realizar un servicio apostólico en sus comunidades.
Además, la Liga incluye a los peregrinos, quienes han sellado su Alianza de Amor pero no se unen a una rama específica. Estos peregrinos mantienen un contacto regular con el Santuario y participan activamente en el espíritu y vida del Movimiento Apostólico.
Las Federaciones Apostólicas tienen una estructura nacional. Sus miembros se comprometen a un apostolado permanente y mantienen una vida comunitaria estable. Guiados por los consejos evangélicos, buscan la perfección en su estado de vida. El P. Kentenich fundó las siguientes federaciones: hombres, presbíteros, mujeres solteras, madres y familias.
Los Institutos Seculares son comunidades internacionales cuyas miembros se comprometen a un apostolado permanente y a una vida comunitaria estable. Adoptan los consejos evangélicos y buscan la perfección según su estado de vida. Cada instituto tiene sus propias constituciones, definiendo la pertenencia, vínculos y gobierno. Son reconocidos como Institutos de Vida Consagrada.
El P. Kentenich fundó varios Institutos Seculares: Hermanas de María, Hermanos de María, Sacerdotes Diocesanos, Nuestra Señora de Schoenstatt y Padres de Schoenstatt, todos de “derecho Pontificio”. En 1942 también fundó el Instituto de las Familias, que aún no tiene la aprobación oficial de la Iglesia.
La Presidencia Nacional de Schoenstatt es responsable de preservar la herencia espiritual del movimiento, garantizar la unidad y coordinar el trabajo conjunto. Representa al Movimiento Apostólico ante la Conferencia Episcopal del país. La Presidencia incluye a los superiores de los Institutos, jefes territoriales de las Federaciones y el Director del Movimiento. En Argentina, el presidente es el P. Tommy Nin Mitchell.
La Central Nacional del Movimiento asegura la fidelidad al carisma e inspira a la Liga Apostólica y al Movimiento popular y de peregrinos. Coordina iniciativas apostólicas a nivel nacional, promueve la formación espiritual y la educación, y organiza encuentros nacionales. Incluye al Director Nacional del Movimiento y los asesores, nombrados por el Director Nacional. Actualmente, el Director Nacional es el P. Pablo Pérez.
Los Consejos Diocesanos supervisan la Liga Apostólica y el Movimiento popular y de peregrinos en cada diócesis. Basados en la misión o ideal diocesano, alinean su estrategia con las líneas pastorales de la Iglesia diocesana y coordinan actividades apostólicas y de servicio. Los Consejos incluyen al Coordinador Diocesano, jefes de las agrupaciones de la Liga, y asesores diocesanos, así como representantes de los Institutos, Federaciones y Acciones Apostólicas presentes en la diócesis.